Hace cerca de 27 años que se publico el conectoma del nematodo C.elegans (del que ya os hable en este otro articulo) y aunque hemos logrado avanzar bastante en la comprensión de su funcionamiento aún nos queda mucho por exprimir a este pequeño organismo de no más de 1 mm de tamaño.
El trazado de su conectoma se llevo a cabo de forma totalmente manual y es en los últimos tiempos cuando la informática ha pasado a la acción para ayudarnos en el procesamiento de la gran cantidad ingente de datos y cálculos que se deben realizar para llegar a simular un organismo.
En este contexto ha surgido la iniciativa Open Worm de Open Code, es decir, de acceso libre y gratuito, que pretende llevar a cabo la creación de un modelo biofisico completo de este pequeño gusano. Para ello llevan varios proyectos paralelos:
- El conectoma completo bajo NeuroML (otra iniciativa de Neurociencia Computacional que defiende el uso del lenguaje XML para realizar simulaciones de cualquier parámetro relacionado con el tejido nervioso), con este conectoma podemos ver todas las conexiones de sus neuronas, sus propiedades biofisicas y realizar simulaciones en programas como Neuron. Además también podremos visualizar el sistema nervioso completo en 3D con el programa Neuroconstruct. He hecho un vídeo introductorio explicando como trabajar con esta parte.
- El OpenWorm Browser, una visualización simplificada y tridimensional de todas las partes del C. elegans. Se puede descargar como aplicación para el iPad
- El motor de simulación Geppetto con el que podremos realizar simulaciones multi-escalares y multi-algorítmicas de sistemas biológicos y que se podrá iniciar directamente desde el navegador Web.
- Un simulador de mecánica de fluidos. Para poder simular a C. elegans no solamente nos vale con replicarlo intrínsecamente sino que también debemos controlar el medio externo donde realiza su vida por ello se requiere de este simulador que esta pensado para ser una extensión de Geppetto.
Al ser una iniciativa abierta nunca viene de más una ayuda, si os interesa el proyecto en la página oficial podemos encontrar las distintas actividades que nos recomiendan según nuestro perfil. No importa si no eres persona de ciencia o tecnología, aquí todos tenemos nuestro lugar como bien refleja su página también requieren de artistas, escritores, curiosos, webmasters, etc,etc.
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